نسرين ستوده مدعي دفاع از حقوق بشر و حقوق زندانيان تاكنون به صورت هدفمند از برخي گروهك‌هاي تروريستي و عوامل آنها كه به بمبگذاري و كشتن بسياري از افراد بي‌گناه اعتراف داشته‌اند، حمايت كرده است. به عنوان مثال وي پس از اعدام تروريست جنايتكار عضو گروهك اسرائيلي «تندر» مدعي شده بود: «قوه قضائيه اراده كرده بود تا او را قرباني كند!» اين حمايت صريح و بي‌شرمانه ستوده از آن تروريست خطرناك در حالي صورت گرفت كه از منزل او و همراهش 8 بمب آماده انفجار و 150 كيلوگرم مواد اوليه براي ساخت بمب كشف شد و نامبرده اعتراف كرده بود كه طراحي براي انفجار در چند محل زيارتي و چندين حوزه راي‌گيري مهم را در دستوركار خويش داشته است.

نسرین ستوده متهمی است که از ۱۴ شهریور ۱۳۸۹ به جرم اقدام بر علیه امنیت ملی و تبلیغ بر علیه نظام بازداشت شده است. در این باره محمدجواد لاریجانی دبیر ستاد حقوق بشر قوه قضاییه به صراحت گفته است که او به عنوان وکیل مورد پیگیرد قضایی نیست.لاریجانی همچنین درباره‌ی این پرونده گفته است: «باید توجه داشت زمانی که فردی وکیل یک متهم می‌شود، تمام رفت‌وآمدش باید در راهروهای دادگاه باشد نه اینکه از پایتختی به پایتخت کشور دیگری رفته و علیه نظام و حکومت مصاحبه کند. این را سوءاستفاده حرفه‌ای از وکالت می‌گویند.»لاریجانی با تأکید مجدداً بر این نکته که نسرین ستوده به علت امر وکالت مورد پیگرد قضایی قرار نگرفته است گفته است: « ستوده به خاطر تبلیغات علیه اسلام، نظام و همچنین تماس با گروه‌های تروریستی مورد پیگرد قانونی قرار گرفته است. البته دادگاه باید به اتهامات وی رسیدگی کند. هیچ فردی به عنوان وکیل نه تنها مورد پیگرد قرار نمی‌گیرد بلکه مورد احترام ماست.»